Après avoir fait ses classes au Vasco de Gama au Brésil, Anderson découvre l'Europe en signant au Servette Genève en Suisse. Après deux ans il est recruté en France par l'OM après les déboires de Bernard Tapie qui a dû vendre la majorité de ses joueurs offensifs suite aux scandales qui ont secoué le club. Il effectue son premier match en L1 le 28 novembre 1993 face au FC Martigues. Il ne reste que six mois à l'OM, mais six mois qui ont marqué les esprits à Marseille et en France. Le joueur file en effet à l'AS Monaco où il atteindra le meilleur niveau de sa belle carrière. Aussi irrésistible qu'efficace, Anderson remportera le championnat de France 1997. Il cumulera aussi les distinctions individuelles : Meilleur buteur de D1 1996, Étoile d'Or France Football en 1996 et enfin, il fut élu meilleur joueur de la saison par ses pairs en 1997. Considéré comme l'un des meilleurs attaquants du monde et désormais véritable joueur emblématique du Championnat de France, il s'engage avec le FC Barcelone qui aligne 125 millions de francs pour l'acquérir. L'équipe titrera le jour de son départ « La France perd Anderson ».

Mais en 1999, le joueur se morfond sur le banc du Barça. Le président de l'OL, Jean-Michel Aulas, qui vient d'accueillir un nouvel actionnaire, Pathé, décide de faire un gros coup et obtient le transfert du joueur pour 120 millions de francs (17,77 millions d'euros). Il se révèle alors le grand attaquant qui hisse, le premier, l'OL vers les sommets. Ses deux dernières années au club, quoiqu'en tant que champion de France, sont marquées par les blessures.

Son départ à Villarreal est salué par tous les supporters. Il termine sa carrière au Qatar et émet le souhait d'intégrer le staff technique de l'OL pour se reconvertir. Le club écoute son souhait et lui permet de devenir entraîneur des attaquants.

Sonny Anderson conclut en beauté sa carrière de footballeur lors de son jubilé organisé au stade de Gerland le 11 juin 2007. Il marque en effet trois buts pour une victoire de ses amis face à l'équipe de l'OL vainqueur du titre en 2002 (5-3 dont le dernier des 5 buts inscrits par son fils Loïc).

En tout, Anderson aura joué 250 matchs en Ligue 1 française et inscrit 156 buts dans le championnat de France